对这些铁证，陆明辉的辩护律师试图质疑威廉证言的真实性（时隔多年）、黄振坤账本的单方性、以及周文山报告作为“学术探讨”的证据能力。但公诉人逐一驳斥：威廉的证言有客观的检修记录篡改痕迹佐证，且其与黄振坤的贿赂关系有银行流水印证；黄振坤的账本与陆明辉海外账户流水可相互印证，形成完整证据链；周文山的报告虽来源特殊，但其内容与本案其他证据高度吻合，且其中提及的部分具体交易细节（如时间、金额、账户尾号）已被查证属实，具有证据效力。
第二组证据，关于故意杀人（陆明远案）。
这是庭审的核心与难点。公诉人出示了当年“海神号”事故的官方调查报告（指出技术故障是主因）、以及由公安部指定鉴定机构重新做出的、基于威廉证言和新发现物证（从“海神号”残骸中重新提取的关键部件碎片进行微量物证和应力分析）的补充鉴定意见。新鉴定意见认为，事故发生的直接原因确系关键部件在极限工况下的异常失效，但该部件的原始设计参数与威廉篡改后的记录不符，且存在人为调整的痕迹；结合部件供应商前工程师关于曾向不明身份第三方提供“极端工况失效模型”的证言（同样经公证和视频出庭），以及黄振坤与陆明辉在事发前的可疑通讯记录（提及“打点好”、“万无一失”、“事成有赏”等），公诉人指出，有充分证据表明，黄振坤在陆明辉的默许乃至指使下，通过贿赂技术人员、获取关键数据、篡改记录等方式，人为制造了这起“意外”，其行为已超出普通责任事故范畴，涉嫌故意杀人。
陆明辉的辩护律师激烈抗辩，坚称事故调查报告已作结论，新鉴定意见仅为“理论推测”，威廉和供应商工程师的证言“可能受到胁迫或诱导”，黄振坤与陆明辉的通话记录“语焉不详，不能直接证明杀人故意”，指控陆明辉故意杀人“证据严重不足”。
双方就此展开了数轮激烈辩论。公诉人强调，综合全案证据，陆明辉具有杀害陆明远以谋取项目控制权和个人利益的强烈动机，与黄振坤存在共同犯罪的意思联络（至少是默许），并提供了关键协助（泄露信息、利用职权），其行为与黄振坤的实行行为相结合，共同导致了陆明远的死亡，构成故意杀人罪的共犯。辩方则坚持“疑罪从无”，认为现有证据无法排除合理怀疑，无法形成完整、排他的证据链证明陆明辉具有杀人故意并实施了杀人行为。
第三组证据，关于林国栋案及“卡洛斯家族”的涉案嫌疑。
公诉人出示了林国庆加密硬盘中恢复的数
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