眼前这些触目惊心的罪证，脸色变得无比凝重。他下令，将所有搜出的罪证，全部登记造册，封存起来，准备呈送皇帝御览。同时，他对青云观中所有被控制起来的道士，进行了逐个甄别和审讯。
对于那些只是普通信徒、并未参与国师罪恶活动的道士，林墨本着“首恶必办，胁从不问”的原则，在经过教育后，予以释放，并勒令他们还俗，不得再以道士身份招摇撞骗。
对于那些参与了国师罪恶活动、或者知情不报的弟子，林墨则毫不留情，一律交由锦衣卫，押入大牢，等候进一步的审理和判决。
而对于那些被国师囚禁起来的无辜者，林墨则给予了妥善的安置。他命人请来大夫，为他们诊治伤病，并提供食物和衣物。然后，根据他们的意愿，或资助路费让他们回家，或将他们送到京城的慈幼局和养济院安置。
整个清查过程，持续了整整十天。当林墨终于走出青云观时，这座曾经辉煌一时的道观，已经变得人去楼空，只剩下几个负责看守的老卒。那些隐藏在阴暗角落的罪恶，被彻底清扫干净。青云观，终于恢复了它本该有的清净。
林墨回宫复命，将清查的结果，详细地向皇帝做了汇报。皇帝听后，沉默良久，然后缓缓开口道：“林爱卿，你做得很好。青云观这颗毒瘤，终于被彻底剜除了。传朕旨意，从今往后，撤销青云观‘护国玄坛’的封号，收回所有御赐之物。青云观旧址，改为‘忠烈祠’，用以供奉那些在此次事件中殉国的禁军将士和忠义之士。朕要让后人知道，忠诚和正义，终将战胜邪恶和阴谋。”