书匿名无迹，无笔迹、无署名、无证人，比追查网络匿名留言还要难上百倍。 一时间，卖书的、抄字的、贩纸的、读书人、算命先生，统统被抓进诏狱。 抓进来就动刑，动刑就喊冤，冤屈一堆，案情毫无进展。 诏狱人满为患，嘈杂混乱，乱象丛生。 万历越查越恼，越恼越抓人，越抓越乱。 幕后真凶，始终藏在暗处冷眼旁观。 折腾半个多月，厂卫彻底束手无策，半点线索都摸不到。查了半个多月，东厂锦衣卫集体崩溃： 真凶找不到！一点线索都没有！
万历不耐烦了：查不出就赶紧结案，朕要体面！ 于是，史上最荒唐的判决新鲜出炉： 戴士衡心怀怨恨，借旧事编撰妖书，恶意抹黑后宫，永世流放； 樊玉衡曾非议后宫，视作同党，一并发配； 吕坤著书肇祸，逐出朝堂，永不录用。 朝廷昭告天下，草草收尾，宣称风波平息。
京城百姓心里都清楚：这就是强行找替罪羊糊弄人。 只是没人敢多说一句，皇权之下，沉默是唯一自保。 第一次妖书案，看似郑贵妃完胜。 但这仅仅只是开始。 经此一事，朝野人心尽知：太子地位不稳、贵妃野心昭然、皇帝偏心偏袒、朝堂党争愈烈。 五年之后，1603 年，第二次妖书案骤然爆发。 一篇杀伤力更强、矛头更锐的《续忧危竑议》，直接把大明朝堂炸得四分五裂。
——参考网文《大明妖书现世，细思恐极》作者“我是历史其实挺有趣”