戚继光回到蓟镇主持练兵三个多月，蓟镇的天慢慢地变了。
最先出成果的是清点兵员。沈应文带着户部的几个人，一营一营地过，每到一处，先看花名册，再点人头。花名册上的人不在营里的，一律按空额核销。各营的千总、把总开始还想糊弄，拿别营的兵来凑数，被戚继光派来的人当场识破。这些人在蓟镇当兵多年，哪个兵所属哪个营，他们记得比谁都清楚。
三个月下来，蓟镇清点出吃空饷的将领十一人。有千总、有把总、有守备。参将一级的也有，副将张承宗已经在押，参将王化隆在杨四畏倒台后就称病不出，沈应文让人去“探病”，发现他在家里养着一班歌姬，气色比谁都好。王化隆被革职拿问，家产抄没。
十一个将领，罢免的罢免，查办的查办，蓟镇的将领名单换了一小半。剩下的那些，人人自危，再也不敢在兵员数字上动手脚。空额被清理了，多出来的饷银怎么办？这笔饷银数额巨大，现在清出来了，每年约合白银十二万两。
沈应文请示朝廷之后，把这十二万两留在蓟镇，用于补发欠饷、添置火器、修缮边墙。戚继光拿到这笔银子，第一件事是补发了南兵拖欠的行粮，第二件事是派人去宣府购买了一批佛郎机子铳，第三件事是加固了青山岭一段年久失修的边墙。兵部的批文还没下来，戚继光的先遣小队已经在苍岭堡那边开工了。
比清点兵员更棘手的是军屯。《大明会典》中明确记载了，“设各卫所，创制屯田，以都司统摄”，军屯土地所有权属于国家，具体由卫所管理，严格禁制军田私有化，遑论交易。但蓟镇的军屯田，从嘉靖年间就开始被侵占。先是卫所军官占，后来是总兵、副将占，再后来是地方豪强、士族官绅也来分一杯羹。到了万历年间，蓟镇军屯的实际收成不到洪武年间的三成，军士无田可耕，生存状况急剧恶化，别说打仗了。
戚继光当年分给南兵的那些荒地，是蓟镇最差的地。靠近边墙，缺水，风沙大，种什么都收不了多少。但南兵们不在乎，有地种，总比没地种强。他们在那些荒地上一锹一镐地开了十几年，把荒地变成了熟地。戚继光被罢官后，杨四畏把那些地收了回去，说是“清丈军屯田，重新分配”。
刘安从镇守衙署调出了当年戚继光分地的底档，他拿着底档一亩一亩地量，一块一块地对。杨四畏改过的地契被废了，南兵们重新拿到了地契。
还地契那天，苍岭堡的校场上跪了几百个南兵家属。老人、女人、孩子，跪了一地，给戚继光磕头。一个头
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