刘裕巩固统治，刘穆之采用了以下几条重要举措：
一、重塑司马氏的正统地位，以显示京口起兵的合法性。烧掉了桓玄所立的桓温牌位，重新为晋帝立庙，并且派人迎接东晋皇帝司马德宗。
二、对于桓楚政权的官员，只诛首恶，胁从不问。刘穆之将打击目标锁定为桓氏家族，对其他人则赦免其罪行。
三、协调各派系各阶层的关系。由于当时刘裕的威望还不高，刘穆之任命来自高等士族的王谧为侍中，作为刘裕在朝廷的代理人。
刘穆之颁布的法令重在约束贵族门阀，施恩平民百姓，同时着力恢复江南地区的生产生活，使得刘裕转迅速收拢了民心。
随后，刘裕派大军西进，在刘毅等人的指挥下，西征军不费吹灰之力便大破桓玄，攻取江夏等地，桓玄西逃，被逼无奈，试图入蜀，被益州督护冯迁杀死，时年三十六岁。】
【义熙三年（公元407年），刘裕在朝中的代理人王谧病逝，刘毅等士族希望借机排挤刘裕，因此提出由士族出身的谢混出任扬州刺史，仆射孟昶任司徒、录尚书事，企图对刘裕夺权。
朝廷派出尚书右丞皮沈前往征询刘裕的意见。
刘毅和孟昶等人都是京口起兵时刘裕的战友，这次他们联合起来夺权，便表明了京口起兵时的功臣已经分化为两个阵营，以刘毅为首的士族，显然不甘心朝政被出身寒门的刘裕把持。】
【刘穆之对刘毅等人的意图洞若观火，他建议刘裕以宰相的职位非常重要为由，亲自前往京城，朝中的人必定不敢将这么重要的职位授予别人。
刘裕采纳了刘穆之的计策，朝廷果然授予刘裕侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事、兼任徐州、兖州刺史，从而牢牢把持朝政大权。
之后，刘穆之和刘裕商议，“古有挟天子以令诸侯，今其时也”，建议刘裕效仿魏武帝曹操，尊奉晋安帝，以号令天下！】
(本章完)