年五十一岁，葬于孝陵，谥号孝慈皇后。
洪武十八年，郭桓案发，由于涉案人员甚多，太祖将六部左右侍郎以下官员皆处死，各省官吏死于狱中达数万人以上。
洪武二十三年，李善长的家奴卢仲谦告发李善长与胡惟庸往来勾结，以‘狐疑观望怀两端，大逆不道’之罪，诛李善长全族。
随后，太祖又下旨诛杀陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵庸三名侯爵。
一并株连被杀的功臣及其家属，共计达三万余人，浙东四先生，即刘基、宋濂、章溢、叶琛亦不能免，并颁布《昭示奸党录》。
洪武二十五年，太子朱标视察陕西回来后，因风寒病逝，于当年八月葬于孝陵东侧，谥懿文太子。
同年五月，太子朱标次子朱允炆被立为皇太孙，被太祖带至身边调教，以继皇位。
洪武二十六年，蓝玉被锦衣卫指挥蒋??密告谋反，史称蓝玉案。
此案牵连到十三侯、二伯，连坐族诛达一万五千人。
建国时的功臣们因此案几乎全亡。
此后，太祖又颁布《逆臣录》，诏示一公、十三侯、二伯。
洪武二十七年，太祖杀江夏侯周德兴以及颖国公傅友德，在捕鱼儿海战役中立功的定远侯王弼亦被赐死。
洪武二十八年，开国六公爵最后一位仅存者，宋国公冯胜被杀。
洪武三十一年闰五月初十日，太祖朱元璋崩逝于应天府皇宫内，享寿七十岁，在位三十一年。
与已故的妻子马皇后两人一起，长眠于紫金山孝陵。
同年同月，皇太孙朱允炆继位，于次年改元建文，其登基之后，力行削藩政策，以罪相继废黜周王、代王、齐王、岷王，湘王自焚而死；
建文元年七月，燕王朱棣借机起兵造反，史称靖难之役。
建文四年六月，朱棣攻入应天府，朱允炆于靖难之役后下落不明。
同年同月，朱棣即皇帝位。
政治上，继续实行削藩政策，加强中央集权；改革官制机构，设置内阁和东厂；
为加强对北方的控制，迁都于北平府。
军事上，五次亲征蒙古，占领安南；积极经营边疆，东北设立奴儿干都司，西北设置哈密卫，西南设贵州承宣布政使司，对南海地区积极经营，对xz实行****的政策。
外交上委派郑和下西洋，加强中外友好往来。
文化上修《永乐大典》，疏浚大运河，营建bj紫禁
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