在辞职回江西老家继续守孝之时，福建兴化城被攻破的消息传来，他临危受命出任福建巡抚。
广东和浙江的援兵到后，他兵分三路进攻敌阵，最终大败倭寇，光复了一府二县，更是几乎荡平福建境内的倭寇。
战事平息，他再度请辞回家服丧，而后复出担任四川巡抚。在任职期间，他调集军队讨伐云南农民军的首领凤继祖，并平定了这场动乱。
但不得不承认，官场不仅是看个人功绩，更要看背后的靠山。
王之诰虽然有过九边的任职履历，但在辽东巡抚期间并没有什么亮眼的战绩，却是被杨博推举为宣大总督，成为更接近宣大总督宝座的人。
由于这个事情存在争议，且争论出于当朝阁老和吏部尚书，徐阶则是决定采用廷推的方式进行解决。
林晧然对结果早已经心知肚明，知道当前的廷推已经被徐阶所掌控，故而没有等到廷推召开，便已经选择前往宣府。