反之太子齐王与后宫妃嫔时常往来，经常联合在高祖面前谗害李世民。
长孙无垢眼见多次在外浴血征战的丈夫与皇帝疏远，又为太子齐王所嫉，长孙无垢直接出面缓和矛盾。长孙无垢常常在宫中出入，孝顺高祖李渊，同后宫妃嫔交往，以弥补丈夫与皇帝的嫌隙，长孙无垢在后宫中为丈夫存留助力。
在尚书右仆射萧瑀和太子少保李纲等人的鼎力支持下，高祖李渊最终没忍心对李世民下死手。秦王妃长孙无垢等人同心影助为秦府的绝地反击赢得了宝贵的备战时间。
武德九年，皇太子李建成、齐王李元吉想要谋害李世民，长孙无垢越发警醒地意识到摆脱困境的紧迫感。
此时的秦王妃长孙无垢没有退缩，义无反顾地站在丈夫身后，和胞兄长孙无忌及房玄龄等秦王府僚共同给予丈夫毫无保留的支持，处于生死存亡之际的李世民下定了决心。
凌晨李世民率领秦王府八百将士在玄武门设伏，长孙无垢出人意料地出现在了丈夫身旁，从容勉励将士。
长孙无垢无所畏惧地生死相随不离不弃，更激励着李世民，于是李世民率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程咬金、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等在玄武门杀了李建成、李元吉。
玄武门之变以秦王和长孙无垢等人的完胜而告终，李渊大惊，于六月八日立李世民为皇太子，各种政务皆由李世民决断。
武德九年八月初九（626年9月4日），李渊传位给李世民，李世民在东宫显德殿即位。
派司空、魏国公裴寂在南郊烧柴祭天，大赦天下，李世民登基为帝，并在登基后十三天册封长孙无垢为皇后，从此明君贤后，交相辉映。
突厥颉利可汗、突利可汗入侵泾州，尉迟敬德与突厥在泾阳大战，大破突厥，斩首级一千多。
二十八日，颉利可汗到达渭水边，李世民与颉利隔渭水对话，斥责他背弃定约。不久大军陆续到达，颉利可汗见唐军军容盛大威严，又知道执失思力被捕，由此大为恐惧，于是请求和解，诏令同意。
李世民与颉利可汗杀白马而设盟誓，颉利可汗献马三千匹，羊一万口，李世民不接受，命令颉利归还掳掠的大唐人口，李世民开始率领所有禁军步骑将领在显德殿殿廷学习射箭，长孙无垢开始辅助内政，在长孙无垢的建议下，李世民诏令私人之家，不得擅权建立妖神，随意设立不适当的祭祀，不合礼法的祭祀祈祷，一概禁绝。
立中山
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