力，后金军在二十八、二十九日两天的攻城作战中失利。其后皇太极回攻锦州，又被赵率教击退。六月初五日，皇太极撤军，沿途拆毁了尚未完工的大凌河、小凌河两城。
就在袁崇焕归乡之际，明熹宗驾崩，其弟信王朱由检继位，，魏忠贤被铲除，与此同时，许多官员奏请起用袁崇焕以对付后金，到了“章满公车”的地步。
崇祯帝正式起用袁崇焕为都察院右都御史，管兵部添设右侍郎事，崇祯帝将“不吝封侯之赏”，四名辅臣李标、钱龙锡、周道登、刘鸿训也纷纷赞赏袁崇焕是“奇男子”。
袁崇焕离京之际，豪言赋诗“臣心期报国，誓唱凯歌归”。在上任途中，就赶上宁远兵变爆发，辽东巡抚毕自肃引咎自杀。袁崇焕于八月初二日上奏兵变情形，随后兼程赶往山海关。
袁崇焕采取了审慎的处理方式，与宁前道郭广相商，招来首恶杨正朝、张思顺，令其供出叛逆者名单，将功赎罪。杨、张二人和盘托出。十八日，田汝栋、舒朝兰、宋仲义、李友仁、张文元等人被捕，袁崇焕令郭广当堂辨认，俱系当日首恶，即令枭示于众，并出示手谕安抚各营，称“此外不杀一人”。
袁崇焕上任后，还面临一个棘手的问题，即如何处置东江总兵毛文龙。
袁崇焕杀毛文龙后不久，与后金的和谈也因双方在归还辽东的问题没有谈判余地而破裂，双边关系再度紧张。袁崇焕已巩固了关宁一带的防务，但对靠近北京的蓟州一带的防务十分担忧，袁崇焕随即遣参将谢尚政等率军三千前往蓟州协防。不过顺天巡抚王元雅认为警报不确，令其返回。
为嘉奖袁崇焕防备后金的功劳，崇祯帝加封他为太子太保。
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