崇祯帝对袁崇焕优礼有加，不仅起身慰劳，还脱下自己穿的貂裘赐给他，又与祖大寿各受赐银盔甲一副，并赐御膳。然而当袁崇焕请求率兵入城休整时，崇祯帝断然拒绝，袁崇焕请只放三千人进城，崇祯帝说：“即三十人亦不可！”二十五日，袁崇焕又请“外城休士”，并请辅臣出援，崇祯帝的回应都是“不许”。
相反，满桂的部队则获准入外城休整。可见崇祯帝对袁崇焕已不再信任。
崇祯帝对大臣们流露出对袁崇焕的强烈不满，说：“奴酋零骑在我城下，任其抢掠，是何道理？也不见崇焕剿杀！”
“崇焕之兵俱是堪战的，人上挑人，马上挑马，他曾面奏过，又说虏精骑不满五千，其余不足杀，为何不动一动？”并要求阁臣拟旨提醒袁崇焕“要相机动一动，大创他一番方可”。
皇太极所行的反间计让致使崇祯帝决意逮捕袁崇焕。十二月初一日，崇祯帝已以议饷为由，再次召见袁崇焕、祖大寿、满桂、黑云龙。当时袁崇焕正派遣副总兵张弘谟等蹑后金军，听到召命后穿着戎装偕祖大寿入城觐见。
袁崇焕被捕当日傍晚，祖大寿回到营中，通报了袁崇焕下狱的消息，随即有太监车天祥（又作车应祥）前来军中宣谕，关宁将士闻讯放声大哭。
此时陆续发生城上守军猜忌、杀害关宁军的事件，袁崇焕下狱当天也是后金军从南海子移营之日，此后后金军不再强攻北京，而是大掠京畿州县，十二月十七日又在永定门外大败明军，满桂阵亡，二十六日东攻永平等城。
经过大臣的求情崇祯帝对袁崇焕的态度有所松动，曾叹道“守辽非蛮子（袁崇焕）不可”。
可是阁臣温体仁和兵部尚书梁廷栋则欲置袁崇焕于死地，一面不断上疏请求诛杀袁崇焕，一面让袁崇焕的部将谢尚政来提供袁崇焕通敌的罪证，同时联合吴三桂去找宫中女官成陈圆圆。
吴三桂让无脑的陈圆圆对朱由检说，袁崇焕是冤枉的，百姓多期待袁崇焕大破建奴，中兴大明，皇上您是明君一定不会冤枉忠臣袁崇焕，接着说了袁崇焕所有优点。
朱由检准备放了袁崇焕时候，突然问百姓多是怎么说自己的，而无脑的陈圆圆说百姓不知道朱由检是谁就知道袁崇焕，朱由检听后大惊，让陈圆圆下去以后。
八月十六日，崇祯帝于平台正式向百官宣布袁崇焕“市米资盗”“谋款斩帅”“纵奴入犯”“顿兵不战”“遣散援兵”“潜携喇嘛”“坚请入城”等罪状及凌迟的判决，百官无异议，然后命刑部侍郎
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