与此同时，在政治上，朱翊钧也特地派了南和伯方烨代他去南京孝陵，将状元孙继皋奉旨，以朱翊钧皇帝名义写的告太祖征倭之书，诵读且烧给了太祖知道，且在书中写明了为何要征倭国，列举了倭患对国朝造成的数十条大罪。
“所谓新政，不过是薄恩于官绅，尤其是我夺我南直之利更重！”
“这也罢了，君子不当重利而轻义，朝廷要消弭士绅优免会使税源枯竭之患，征利于官绅，下官是能接受的。”
“可结果所积之财，不思节俭以延国祚不说，却用来穷兵黩武于外邦！”
“别人还可，阁老身为吴人，为何到现在都还不争之？！”
征倭之事，虽然是因枢密使方逢时以倭寇不征天下难安为由首倡，张居正也没有阻拦，以至于大战一直在认真准备，但反对者还是不少的，甚至是多数，只是因为帝国权力的高层多赞成者才看上去没多少人反对。
户科给事中叶时新，就因此特地求见了申时行，质问起申时行来，且在质问后就言道：
“按理，现在是该裁减兵丁，以节民财的！”
“毕竟豪右大户之财也不是大风刮来的，也取之于民啊！”
“结果现在就因此不但不节民财，还大幅度增兵，可以想象，将来这些骄兵悍将越来越多后，朝廷一旦无财可养，要生出什么样的乱子！光是现在这些兵，我南直就已经快承担不起了啊，阁老！”
“我就不明白，为何不裁减兵勇，节制武事！”
叶时新说后就紧捏起了双拳。
申时行长呼了一口气：“你以为我不知道军费对南直负担很重？但不打疼他倭奴一次，谁知道他倭奴会不会再现一次世庙时的大规模寇掠？”
问后，申时行就叹气道：“你们这些年轻一辈官员，只看见朝廷为养精兵而夺利于江南更重，没看见世庙时大量倭寇深入东南腹地见人就屠就奸掳的残暴画面，你以为他方枢相也作为进士出身的文官，是真不知穷兵黩武之害？”
“人家就是因为亲眼见过那些因倭国本土战乱不断，而导致大量浪人寇掠东南场面，才下了此决心的！而非逢迎年少而锐气太盛的天子。”
“枢密院的题本分析的很全面，大明如今若不对倭国战一次，将来必得战一次。”
“因为据锦衣卫带回来的情报说，倭国有个叫羽柴秀吉（丰臣秀吉）的霸主，有‘唐入’的计划，就是灭我大明的计划，且已经统一了他们的中国，还欲以九州为灭我大明的基地。
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