不得已，他下令减缓进攻曾英、李占春和秦良玉等人固守石柱一带的脚步，转而主要与顺军的马科等部进行决战。
崇祯十九年中，崇祯皇帝御驾亲征连败顺军、清军，全国明军军心大振，四川部分开始反攻西军。
直至崇祯二十年，四川巡抚马乾以兵事被罢，曾英、李占春以战功进四川总兵、参将，名将秦良玉任川陕总督。
同年，都察院御史陈良谟奉旨巡抚四川，到任之后传檄遵化，重新启用避世居家的樊一蘅与王应熊。
川陕总督秦良玉檄诸郡旧将会师石柱，预备反攻。
此时四川总兵曾英刚收复重庆，战略放弃重庆，率部掩护难民来到石柱，与诸将会师。
从崇祯二十年到崇祯二十一年的九月，是四川明军趁顺军、西军内斗时大举反攻的阶段。
被崇祯皇帝任命为四川巡按的樊一蘅，推荐一系列旧将，上疏请建四川新军。
崇祯皇帝准许，降旨以樊一蘅为新军总督，起用甘良臣为总兵，副以侯天锡，合参将杨展，游击马应试等，为四川新军。
樊一蘅招募卫所军卒三万余人，一战击溃西军，收复叙州，与此同时，松潘副将朱化龙、同知詹天颜率部收复龙安府、茂州等地。
听闻这些，再加上明军主力接连进入四川，张献忠颇惧，下令大焚宫室，弃成都走川南。
在张献忠率西军主力退出成都后的第五天，一部明军浩浩荡荡开来，皆持白杆长矛，正是秦良玉麾下白杆军。
此时虽是黑夜，但张献忠临行前一场大火，却把整个成都照亮得如同白昼。
秦良玉路上时，总能遇见一片片自城中逃难出来的百姓，据他们所说，这场大火已经连烧了五日。
而今看来，这场大火没有丝毫减弱迹象，又岂能是仅烧五日？
听着火光冲天中传出那‘噼里啪啦’声，白杆军一应将校均是面色黯淡，不少人攥住拳头，对这一切罪的魁祸首流寇深恶痛绝。
“噗——”
忽然间，骑在马上的秦良玉脸色一红，喷出一口鲜血，整个人无力地倒在地上。
“总督，总督！！”
这一幕，使得周围白杆军全都大惊失色，几个将校上前，七手八脚将她扶住，众人商量一下，决定退后几里扎营。
约几日后，悠悠转醒的秦良玉，却再没了昔年英姿飒爽的巾帼女将风采。
现在看她，脸色苍白，手上皆是皱纹密布
…。。