他慷慨大方，挥金如土，因为浪费比节约和精打细算更易于博得士兵们的好感。在进军智利时，他借给比较穷苦的骑士十万金币来装备他们自己，后来因偿还不起，被全部地免掉了债务。所以，作为司令官，他深受官兵们的敬重和爱戴。
但是，他和皮萨罗侯爵这个首领的关系在他的事业中很难认为是一件幸事。为发现新大陆和征服事业而结成的个人之间的合伙关系不大可能被人们严格认真地遵守，特别是不大可能被那些更习惯于支配别人而不习惯于管束自己的人们加以遵守。即使以前没有发生彼此不和的事件，他们也必然会在战利品分配上发生争论。他们之间的联合，是一种特别搭配不当的联合。因为阿尔马格罗的随和、热情和胸怀坦荡的性格敌不过皮萨罗的冷酷和诡计多端的权谋；每当他们各自的利益发生相互冲突时，他一定会被合伙人的诡计所伤害。
阿尔马格罗的最后毁灭应当归咎于他自己。他犯了两个重大错误。首先是他诉诸武力夺取库斯科。分界线的确定不能靠武力来解决。那是一个提交仲裁的问题，如果仲裁人不可信赖，则应提交给皇室裁决。但是，如果一旦诉诸武力，他就不应再求助于谈判，最重要的是，不要和皮萨罗进行谈判。这是他的第二个也是最大的错误。他对皮萨罗的所作所为已经看得够多了，理应知道他不可信赖。而阿尔马格罗竟然相信了他，因而为此付出了生命的代价。
阿尔马格罗被处死之前，弗朗西斯科·皮萨罗侯爵一直呆在离库斯科城约150多公里的浩哈小镇的印加大王的行宫里，但库斯科那边的一切都在他的掌控之中。就跟查尔库奇马和基斯基斯带领着基多军队攻进库斯科京城之后，在库斯科京城所进行的一切军事和暴力方面的活动都是由驻扎在浩哈小镇的阿塔瓦尔帕大王亲自指挥着一样。
皮萨罗在他的兄弟出发追击阿尔马格罗之际回到了利马，一直在焦虑不安地等待着战役的结果。在得到拉斯萨利纳斯之战胜利的喜讯之后，他马上踏上了进军库斯科的行程。因为当时局势相当地混乱，他只好呆在浩哈小镇，一边遥控指挥着库斯科那边的行动。一边等待着对阿尔马格罗的审判结果。
很快，他就收到了埃尔南多派人送来的信。信中写道，“尊敬的侯爵先生，听说你已经从利马到达了浩哈，要在浩哈休息一顿，然后再来库斯科城，我们都在热切地期盼着和等待着。由于你为我们准备了足够的人马和武器，并制定了歼敌之策，所以，这一仗打得十分地顺利，也取得了决定性的胜利。将奥尔戈涅斯击毙，将阿尔马
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