边的一位士兵叫到了身边，对他低声耳语了几句。那个士兵就偷偷地跑到了皮萨罗的家中，把这个消息告诉了皮萨罗的那个妻子，也就是那个印加公主。印加公主和一位忠诚的仆人带着几个黑人家奴用一床棉被把皮萨罗的身体裹着。而其他那些人的家人也都秘密地接到了通知，把阿尔坎塔拉、查维斯和那些卫兵的尸体用毛毡包裹着带走了。
为了保密和不被人注意，他们一直等到天黑之后，才把皮萨罗的尸体让人抬着来到了大教堂。在几枝小腊烛微弱的烛光下，他们雇人在教堂一个昏暗偏僻的角落挖了一个坑穴，将死者的尸体裹着紫色丝绒的毛毡里，装进一个绑着金制丝带的大木箱里，然后匆匆地下葬。在场的只有他的妻子和几位十分卑微的仆人在为他祈祷。这就是这个秘鲁征服者的悲惨下场。
可是，就是这个人，在一天之前，还在这块土地上称王称霸，就跟这块土地的世袭君王印加王一样施行着专制独裁的统治。可他却在光天化日之下，在他自己首府的中心，却被那些曾经的同伙，并与他分享过他的胜利和战利品的人们，要去了他的性命。他像一个可怜的被遗弃者一样死掉了。甚至没有一个人说一声“上帝饶恕他”。
几年之后，当这个国家恢复了平静，皮萨罗的遗体被重新安放在一具豪华的棺木里，埋在大教堂引人注目的一座纪念碑下。到了1607 年，也就是在他死去的第53年那年，和平友善的气氛就像帷幕一样将过去笼罩了起来。这时，人们已经渐渐地忘掉了他的罪恶和过错，而想起了他在殖民扩张过程中对西班牙及其王室所做出的巨大贡献，考虑起他应该所享有的崇高威望，于是，将他的尸骨又移放在了新教堂之中，并准许将他的尸骨与秘鲁英明而有威望的总督门多萨的尸骨并排安放。
他死时将近65岁，一生都未结过婚，但有人说他曾在巴拿马与督军的婶婶结了婚，可是，这只是传说，而更多的人则相信他没结过婚，他自己也是这样对别人说的。但是他与一位印加血统的印第安公主生了一子一女。而这位公主就是印加王阿塔瓦尔帕的女儿，印加伟大的印加王瓦伊纳·卡帕克的孙女。这位公主在皮萨罗死后嫁给了一位名叫安普埃罗的西班牙骑士，并和他一起移居西班牙。儿子没有活到成年，而女儿弗朗西斯卡一直在陪伴着她。后来，这位女儿与她的伯父埃尔南多·皮萨罗在狱中结婚。因为她是个非婚生子女，弗朗西斯科·皮萨罗侯爵的称号和财产都没有让她继承。但在菲利普四世统治时期，因为感激他的祖先为国家和王室做出的巨大贡献，国王授
…。。