孙传芳与吴佩孚，未果后，蒋百里和夫人蒋佐梅化装至汉口，就吴佩孚总参谋长职，吴佩孚对蒋百里敬礼备至，呼之为“先生“。
民国十六年(1927年)，国民革命军克复南京、上海、杭州。国民政府迁都南京，总司令命刘文岛接公进京，在三元巷总部晤谈，礼遇优渥。蒋百里指陈时局，认为当时形势对日宜采缓兵之计，不要让日本人有所疑虑引起无谓纠纷。于是蒋介石派蒋百里赴日，与日本首相田中义一和朝野人士说明国民政府政策与组织，游说的效果很好。民国十七年(1928年)，蒋百里在上海定居，期间曾赶往北平探视梁启超。。蒋百里支持原湘军将领唐生智起兵“倒蒋“。蒋百里受软禁，侄蒋复璁来探望，慰以“能受天磨真铁汉，不遭人忌是庸才“。稍后，与蒋介石达成和解。
但是蒋百里已经对委员长已经失去信心了，再加上曹区长和他是至交好友就推荐给唐聚五，这个时候唐聚五是如日中天，唐聚五把他带到最核心的地方和他交流，说我最喜欢看的就是先生于民国七年(1918年)9月，蒋百里参加“欧洲考察团“，归国后发表《德国败战之诸因》一文，详细分析了当时德国的形势、政略、兵略之失败，得出德国军国主义的失败乃“军阀之祸“所致的结论，从而改变了自己以往认为军队可以决定一切的思想观点，发现比军队更加深刻而有力的战争决定因素乃是老百姓。蒋百里提出了“寓兵于农“这一全民抗战的崭新军事理念。该文与后来德国鲁登道夫将军反思德国欧战失败教训的著作《全民族战争论》，互为表里，并驾齐驱，在国际军事论坛上受到高度重视。
现在我们的遐想敌已经不是日本了，这个国家就是个强大的儿童而已，还有就是他现在要按照我们的路子走，没有办法，不听话就打他，他的他听话在说，我们的目标已经是欧洲和美国了，这个时候我们需要一个先锋才行，这个就是我们方针，从一开始赖三到后来的横三都是我们培养出来的，就是要他们的名字为去我们的发展去创造条件，这个就是我们的现在的中心，就是为华夏创造100年的和平，接着唐聚五又带着蒋百里去看看那些武器装备。
蒋百里都看傻了，他从来没有相信过还有这种武器，最后唐聚五和他说，百里先生，我们想起你担任我们的总参谋长和军事学院的付校长你看怎么样，蒋百里说，不行一下子给我这么搞得位置，唐聚五说，我们这里就是少了个参谋长的这样的人才，就希望先生不要推辞，百里先生我们的下一步就是南洋，这些是南洋的资料，还有缅甸已经是
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