管天京之变是以比较和平的方式收场，但造成的后果还是相当恶劣，首先就是手握重兵的石达开根本不敢相信杨秀清的示好诚意，迟迟不肯返回南京与杨秀清当面和解的同时，还下令召回了正在围攻徐州的军队，全面退守淮水防线，给了北线清军更多的喘息机会，军心士气也受到了严重影响。
僵持了许久后，还是在洪仁玕的不断来回奔波劝说下，还有在杨秀清主动派人把石达开之母石周氏送到了石达开军中表示诚意，以及详细了解了南京城中的目前情况后，石达开这才终于相信了杨秀清的和解诚意，重新回到南京城中与老友杨秀清及洪秀全见面，冰释前嫌的同时，也表态愿意继续接受杨秀清的号令指挥。还算能够汲取教训的杨秀清则也当面向石达开和石达开的岳父黄玉昆谢罪，又封了石达开为翼王八千岁，大为缓解了与石达开之间一度无比恶劣的关系。
很可惜，碎过的瓶子就算粘补得再好，裂痕也永远不可能消失，此事过后，杨秀清和石达开之间还是存有了互相猜忌之心，只是因为恶劣的形势而被迫深藏心底，暂时继续联手合作。还有其他地方的太平军在收到了消息之后，也不可避免受到了严重影响，本来就大为放慢的扩张势头更加受阻，多条战线还因此被迫收缩，一度占据上风的战略局势彻底转变为与清军僵持。
还有最后，因为查出洪秀全的两个祸害哥哥也在天京之变没少煽风点火，挑拨离间，杨秀清还是下令处死了洪仁发和洪仁达这两个祸害及他们全家，与洪秀全结下不解之仇，也让洪秀全心中的恨意更深，为太平军将来的更进一步分裂留下祸根。
太平天国的势头突然由盛转衰，咸丰大帝当然在北京城里乐得手舞足蹈，对吴超越的离间妙计大加赞赏，尤其是在看到洪秀全被迫明发太平军各处控制地的罪己诏后，看到了洪秀全在罪己诏上对吴超越的种种恶毒诅咒，咸丰大帝更是对吴超越宠爱到了极点，降旨道：“告诉吴爱卿，今后只要再有离间机会，不必请旨，直接设法离间长毛发匪就是了！朕一万个信得过他！”
得意之余，咸丰大帝当然也没忘了鼓励吴超越延续之前的好习惯，不分地域的越境剿匪平寇，乘着太平军内乱的大好机会多夺回一些失陷城地，也多剿灭一些太平军队伍。同时肃顺也是在书信上如此鼓励吴超越，要求吴超越趁火打劫赶快出兵再立点功劳，让自己可以在朝廷里更有力的为吴超越撑腰说话。
事有意外，咸丰大帝和肃顺大概做梦都想不到的是，他们鼓励吴超越赶紧趁火打劫的时候，有人却在吴超越的
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