之前布置在北航道中的太平军小船船队则早已在激战中元气大伤，不但再没力量阻拦，相反还被吴军水师生力军的撵着打追着砍，被迫逃向两岸，船只倾翻士卒落水不断，防御力极强的吴军铁壳蒸汽船则是势如破竹，不断以大口径的船首炮轰击敌人，逐条捣毁太平军的水上浮桥，切断九洑洲太平军和北岸的直接连续。
吴军水师的疯狂战术彻底惊呆了九洑洲太平军，也彻底粉碎了梁凤超还想保全船队的美梦，为了不让拥挤在一起的太平军船队被吴军一把火烧光，梁凤超只能是乘着上游杀来的吴军船队暂时还被浮桥阻拦，赶紧命令自军船队冲出北航道逃往下游，尽力保全船只——没了船，九洑洲太平军就是想逃回两岸都难。同时梁凤超又赶紧派人南下去和李秀成联系，明确告诉李秀成说除非吴军水师撤走，否则自己将无法再保证南京太平军和江北太平军的联络畅通，而如果吴军水师再在九洑洲附近夺得一块立足地后，九洑洲太平军还有很大可能被彻底困死在岛上！
也是凑巧，梁凤超的告急使者见到李秀成时，正好李明成的告急使者也来到了李秀成的面前求援，闻知九洑洲和秣陵关两个战场同时告急的噩耗，李秀成脸色铁青了许久才做出一个艰难决定，道：“让梁凤超和傅正纲死守九洑洲！先救秣陵关！水上没指望了，只有保住秣陵关，我们的的粮草弹药才可以通过陆路补充！”