版中出现的量产型EVA。
量产型EVA落地之后，便开始配合联合国的军队开始破坏起nerv的设施。
“靠！”
葛城美里再也无法保持冷静，直接爆了粗口，
“快让初号机出击！目标优先处理地下的使徒！”
联合国那边或许还有谈判的余地，但使徒……使徒是无法沟通的绝对之敌！
“不行！出击失败！”
“MAGI的防火墙被攻破了！我们失去了最高指令权限！无法执行出击程序！”
赤木律子死死地盯着屏幕上不断崩溃的数据流，额头上渗出了细密的冷汗。
她设计的MAGI，她母亲心血的结晶，此刻却像一个被剥光了衣服的孩童，在敌人面前毫无还手之力。
这个世界上，比她更了解MAGI，能做到这种事情的人，应该只有一个才对？
但那个人不是已经死了吗？
“这到底……是怎么回事啊！！！”
……
与此同时，NERV地下最深处，终极教条。
广阔得如同地下神殿的空间里，一片死寂。
红色的LCL之海如血池般蔓延，而在中央，一个白色的巨人被钉在巨大的红色十字架上。
“原来如此……”
渚薰轻声呢喃，红色的瞳孔中倒映着巨人的身影，
“莉莉丝……张启，你没有说谎。”
下一刻，异变陡生！
二号机的操作系统界面瞬间变成一片血红，所有的控制权都在一刹那被剥夺。
EVA二号机伸出巨大的机械臂，一把将半空的渚薰攥在了掌心！
剧烈的震动和压迫感袭来，但渚薰的脸上却没有丝毫的惊慌。
他甚至露出了一丝了然的微笑，那笑容带着些许嘲弄。
“原来如此，是藏在机体核心里的傀儡系统吗？靠着这个来摆脱我的控制……
SEELE的剧本，NERV的剧本……你们人类，对此还真是乐此不疲啊……”
一边说着，一边望向下方那片深邃的阴影。
脚步声缓缓响起。
一个男人从阴影里，一步步走了出来。
他穿着NERV的制服，白色的手套一丝不苟，镜片下的眼神，比这地下的万年寒冰还要冷酷。
正是NERV的总司令，碇源堂。