作为《异形》系列的第四部，《异形·4》的剧情也是和前三部密切相关的。
在第一部中，女主角雷普莉等人驾驶“诺斯特罗莫”号商业拖运飞船返回地球，但是在途中他们却在一颗小行星上收到了神秘的信号，随即他们前往小行星寻找信号的来源。
在小新星上，他们发现了一艘已经坠毁的外星飞船，在外星飞船中，一命船员被异形的抱脸虫袭击。其他人把这个人带回了飞船，他们发现抱脸虫已经死去。他们以为这件事就这样结束了，但是，那名倒霉的船员体内已经寄生了异形的胚胎。
随后，异形幼体破开宿主的胸腔，之后的船员开始陷入和异形的战斗中。
一番战斗之后，大部分人被异形杀死，只剩下雷普莉自己。
雷普莉炸毁了飞船并驾驶太空梭逃生，然而，在雷普莉准备进入休眠的时候她才发现，原来异形一直躲在太空梭里面。
雷普莉用冷气将异形逼了出来，然后打开舱门把异形丢尽了太空中，战斗终于结束后，雷普莉终于进入了休眠，第一部在这里也就正式结束。
雷普莉休眠57年后终于被救援队发现，并随即被待会。
醒来后，雷普莉发现自己曾经熟悉的一切早已不见，就连自己的女儿也已经在两年前去世。而他们当年发现异形的小行星，现在已经成为了人类的殖民地，20年来从来没有发现过异形。
也正是因为并没有发现异形存在的证据，调查队针对雷普莉当年炸毁飞船的事情，认为那是她虚构出来的，吊销了雷普莉的飞行执照，并让她进行心理治疗。
然后，配角又开始作大死了。
殖民地的居民发现了那艘外星飞船，之后开始研究抱脸虫和异形，但是最终被异形杀死，只剩下一个小女孩存活。
殖民地的投资公司为了查明殖民地发生了什么，于是组织了一支陆战队前往殖民地调查，并且说服了雷普莉一同前往。
原本雷普莉不想再回到那个地方，但是最终她还是接受了公司的邀请，决定和异形做一个了断。当然，接受邀请的前提就是，公司必须彻底消灭那里的异形，而不是对其进行研究。
随后一行人驾驶飞船再一次来到了这颗星球，在此时，那些人类的殖民地已经变成了异形的大本营。
进入殖民地后，调查队顺理成章的和异形发生了战斗，大量的人员被异形杀死。
一直到最后，之后雷普莉、一命陆战队员再加上一个生化人登上了飞船
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