为了救出逃离过程中被抓走的小女孩，雷普莉又再次单枪匹马冲回了殖民地中。
通过追踪器，雷普莉找到了异形的巢穴，并在那里救出了被困住的小女孩。
然而，雷普莉随后却走进了异形皇后的房间，在这里有着一个巨大的异形皇后和无数的异形卵，四周还有着虎视眈眈的其他异形。
雷普莉向异形皇后展示了手中喷火器的威力，并用此威胁异形皇后，如果自己受到攻击就会烧毁周围的异形卵，于是异形皇后对她妥协放他们离去。
只不过，在脱离危险后，雷普莉就马上用喷火器毁掉了异形皇后的巢穴。
火焰中，大量的异形卵被烧毁，愤怒的异形皇后脱离了自己的子宫去追杀雷普莉，而生化人这个时候却返回，即使的救走了雷普莉和小女孩，他们引爆核弹毁掉了异形的巢穴。
故事当然不会就此成为圆满大结局，异形皇后混上了飞船重伤了生化人。雷普莉驾驶装卸用的机器和异形皇后进行战斗，并故技重施，打开飞船的舱门将异形皇后抛入了太空中。
最后的幸存者，包括雷普莉在内的三个人再加上一个生化人终于踏上了归途。
然而，雷普莉的运气实在是不怎么样，看起来她的生活总是不能和异形分开。
他们都没有发现，在飞船上有着一只抱脸虫，因为抱脸虫所带有的腐蚀性破坏了飞船，直接导致这艘飞船在一颗星球坠毁，除却雷普莉之外的所有人因为飞船的坠毁而死去。
这是一颗监狱星球，这个星球的人发现了坠毁的飞船并救回了雷普莉。
雷普莉在飞船的残骸中发现了异形的痕迹，她怀疑飞船中其他人的体内可能有异形的胚胎，所有想办法让监狱的医生对小女孩进行尸检。虽然什么也没有发现，但是雷普莉为了以防万一，最后还是坚持着将所有人的尸体活化。
雷普莉没有想到，虽然飞船中的尸体都没有被异形寄生，但是抱脸虫却袭击了监狱星球的一头牛，不久之后，一只类似于野兽形态的异形从牛的尸体中诞生。
不久之后，一名囚犯在清理通风管道的时候遭遇了异形，因为脸上被喷上了酸性液体，他失足被通风管道的风扇搅碎。
这件事并没有引起监狱长的过多关注，他只是因为，这只不过是因为，这个长期只有男人的星球突然来了雷普莉，所以引起监狱中的囚犯人心浮躁。
事实上，雷普莉一直没有放弃寻找飞船坠毁的真相，她找到了飞船的黑匣子，并在垃圾堆中找到
…。。